La Basílica Menor de la Virgen de la Capilla e Iglesia de San Ildefonso se comienza a construir una pequeña capilla en 1248 en los arrabales y se fue ampliando en varias fases hasta el siglo XV pasando de la categoría de Capilla a Santuario y a Basilica (2010). Alberga los restos del arquitecto Andrés de Vandelvira. Son interesantes sus tres bellas fachadas: Portada principal del siglo XVIII de estilo neoclásico muestra la imagen de San Ildefonso; La Portada lateral renacentista del siglo XVI con numerosas referencias paganas y un relieve de la imposición de la casulla a San Ildefonso; la Portada Primitiva en la parte trasera de estilo gótico isabelino con un bello mosaico que ocupa el lugar del acceso original.
Sobre el contrafuerte más cercano a la torre, en el alero de la cubierta podemos ver una cabeza tallada en piedra. Segun el relato del siglo XVII del licenciado Antonio Becerra (Wikipedia) se trata del retrato de un joven de familia influyente que a finales del siglo XVI robó unas lámparas de plata que alumbraban a la Virgen de la Capilla, al intentar huir se desorientó y fue apresado y condenado a muerte exponiendo su cuerpo sobre los contrafuertes del templo para escarmiento público. Posteriormente se ordenó que se esculpiera en piedra la cabeza para su eterna exposición.
En su interior podemos ver estilos gótico final y barroco. En la sacristía se guardan cuadros, tres sitiales de coro barrocos y objetos de culto de gran valor. El retablo mayor barroco recoge el milagro del Descendimiento de la Virgen y el milagro de San Ildefonso de Toledo. Podemos ver también la Capilla del Bautismo, Capilla de la Vera-Cruz, Altar de Jesús Preso (Medalla de Oro en la Exposición Nacional de Bellas Artes en 1941), Altar de la Divina Pastora (con mural de la ciudad de Jaén). Capilla de la Virgen de la Capilla (patrona de la ciudad) con hermosa forja de 1610. En el lateral izquierdo de la capilla hay una hornacina cerrada que guarda en cofre de plata el documento notarial que narra el Descenso de la Virgen a Jaén.
En el museo de la Virgen de la Capilla podemos admirar un ajuar de más de veinte mantos, joyas y arte sacro.
Camarín de Jesús. Antiguo Convento de Carmelitas Descalzos. S. XVI. Se encuentra en el interior de la Iglesia de San José. Acoge la imagen más popular de la ciudad de Nuestro Padre Jesús Nazareno "El Abuelo".
Tanto el bello retablo de su interior como los cuadros que flanquean la imagen del camarín con de 2009. En 1980 fue declarado Monumento Histórico-Artístico y en 2000 Bien de Interés Cultural.
Capilla de San Andrés. Antigua sinagoga convertida en parroquia mudéjar en el siglo XIII. En 1515 se funda la Santa Capilla destinada al culto de la Inmaculada Concepción. Muy cerca se encuentra la antigua judería aunque quedan pocos restos.
Convento de las Bernardas (Franciscanas descalzas) junto a la Puerta del Ángel. Su portada principal, con la imagen de la Purísima, se abre en un lienzo de la antigua muralla y por ella se accede a un sencillo patio. En uno de sus laterales se encuentra una fuente que linda con el Parque de la Alameda. Este convento de claurura fundado en el siglo XVI-XVII ofrece alojamiento.
Convento de Santa Teresa de Jesús (Carmelitas descalzas): del siglo XVII. Entre sus valiosas obras se encuentra la campana que llevaba Santa Teresa y un manuscrito de San Juán de la Cruz. Se Pueden comprar ricos dulces artesanales realizados por las hermanas de clausura.
Iglesia de La Magdalena frente a la fuente-manantial del Lagarto de Malena o Lagarto de Jaén. Está construida sobre la antigua mezquita y esta sobre un lugar de culto anterior. Su planta es irregular dejando intuir la mezcla de estilos y de cultos anteriores.
Iglesia de San Bartolomé :En la plaza de San Bartolomé, del siglo XIV-XVII. Interior mudéjar, destaca su pila bautismal de cerámica verde vidriada, retablo del altar mayor y talla del Cristo de la Expiración.
Real Monasterio Santo Domingo: en la calle Santo Domingo, es Bien de Interés Cultural, del siglo XIV, edificado sobre un antiguo palacio morisco. Primero fue Colegio de Santo Domingo, luego Universidad, Casa de Beneficencia, Hospicio de hombres y actualmente es sede del Archivo Histórico Provincial. Se puede visitar la iglesia y el claustro.
Iglesia de Cristo Rey, en el Paseo de la Estación, de arquitectura modernista y contemporánea (s. XX).